Badania nad wpływem mutacji koronawirusa SARS-CoV-2 na przebieg wywołanej nim choroby prowadzą naukowcy ze Szczecina. Chcą m.in. stworzyć model, który pozwoliłby przewidzieć ciężkość przebiegu zakażenia.
„Pierwsze zadanie (realizowane w projekcie) to sprawdzenie, jak diagnostyka serologiczna, którą robimy w ramach projektu marszałkowskiego (przebadania mieszkańców Zachodniopomorskiego pod kątem przeciwciał – PAP) przekłada się na ciężkość przebiegu zakażenia” – powiedział w środę dziennikarzom lekarz naczelny ds. COVID-19 w szpitalu wojewódzkim w Szczecinie prof. Miłosz Parczewski.
Dodał, że kolejne zadania, realizowane z Zakładem Genetyki Sądowej Pomorskiego Uniwersytetu Medycznego polegają na sprawdzeniu zmienności molekularnej, sekwencji genetycznej wirusa. „Patrzymy, czy mamy nowe warianty, ale patrzymy też, czy mamy nowe mutacje, i czy te mutacje przekładają się na ciężkość przebiegu zakażenia” – wyjaśnił lekarz.
Wskazał, że prowadzone badania nie mają być nadzorem molekularnym nad wprowadzeniem nowych wariantów. „Chcemy sprawdzić, czy ta zmienność genów wirusa, genomu wirusa przekłada się na ciężkość choroby” – podkreślił prof. Parczewski, dodając, że badacze dysponują najnowszymi technologiami sekwencjonowania DNA.
Naukowcy będą też wykorzystywać sztuczną inteligencję do połączenia danych uzyskanych z badań przeciwciał z danymi molekularnymi i dotyczącymi przebiegu choroby w płucach.
„Będziemy więc oceniać, jak się zmienia zapalenie płuc, czy jest ono cięższe czy też łagodniejsze, czy jest go więcej czy mniej, metodą sztucznej inteligencji, i będziemy łączyć te wszystkie dane, aby zrobić model, który spróbuje przewidywać ciężkość zakażenia i pomoże w decyzjach terapeutycznych” – przekazał prof. Parczewski.
Jak wyjaśnił kierownik Zakładu Genetyki Sądowej PUM dr hab. Andrzej Ossowski, w sekwencjonowaniu całych genomów materiału genetycznego wirusa z powodzeniem sprawdza się technologia NGS (ang. next generation sequencing – sekwencjonowanie następnej generacji), stosowana przez genetyków do identyfikacji osobniczej.
„Technologia NGS pozwala na masowe sekwencjonowanie; dzięki temu podczas jednej reakcji jesteśmy w stanie przeanalizować 80 próbek pobranych od pacjentów. Na dziś mamy ok. 160 pełnych genomów wirusa (od 160 pacjentów). Jest to obecnie jedna z większych baz w Polsce” – powiedział dr hab. Ossowski.
W Zachodniopomorskiem badacze potwierdzili trzy przypadki brytyjskiego wariantu koronawirusa.
„Widzimy już, że nie ma za dużo wariantów brytyjskich – konkretnie trzy, czyli nie jest u nas zbyt częsty. Widzimy też jednak, ze wirus mutuje, zmienia się i że powstają takie mutacje, które mogą zwiększać zakaźność” – dodał prof. Miłosz Parczewski. Wskazał, że jedna z osób chorowała ciężej i zmarła, choroba kolejnej przebiegała skąpoobjawowo, a trzecia z nich chorowała ze średnio ciężkimi objawami.
Zaznaczył, że wnioski z badania będzie można wyciągnąć po uzyskaniu 450-500 sekwencji od pacjentów.
Projekt „Opracowanie nowoczesnych technologii laboratoryjnych, informatycznych i bioinformatycznych dedykowanych diagnostyce i prewencji zakażeń SARS-CoV-2” finansowany jest ze środków Narodowego Centrum Badań i Rozwoju.(PAP)
Źródło: Serwis Nauka w Polsce – www.naukawpolsce.pap.pl, Autorka: Elżbieta Bielecka
