Na podstawie danych przekazywanych przez Laboratorium Genetyczne Gyncentrum w Sosnowcu oraz innych dostępnych baz naukowcy z poznańskiego Instytutu Chemii Bioorganicznej PAN stworzyli interaktywną mapę występowania wariantów SARS-CoV-2 w woj. śląskim.
Genomiczna mapa pandemii w tym regionie obecnie zawiera 6005 genomów zidentyfikowanych w próbkach pobranych między grudniem 2019 r. a listopadem 2021 r. Jest stale rozszerzana o kolejne sekwencje wirusa, w celu zbudowania jak najpełniejszego obrazu.
„Prawdopodobieństwo wykrycia różnych wariantów wirusa jest szczególnie wysokie w tak różnorodnej i dużej grupie, jaką reprezentują mieszkańcy Śląska. Uzyskane w naszym laboratorium wyniki na bieżąco zasilają bazę Nextstrain i stanowią podstawę do budowania interaktywnej mapy” – powiedziała w czwartek zastępczyni kierownika Laboratorium Gyncentrum dr Emilia Morawiec.
Przypomniała, że w sosnowieckim laboratorium potwierdzono dotychczas m.in. występowanie uznawanych za niepokojące wariantów alfa, gamma oraz dużą różnorodność wariantu delta. Mapa zamieszczona na stronie https://nextstrain.covidhub.psnc.pl/ncov/slaskie zawiera informacje dotyczące dynamiki przyrostu mutacji w czasie oraz ich rozmieszczenia geograficznego.
„Posiadanie szczegółowej wiedzy, dokonanie wnikliwych analiz pozwoli skuteczniej walczyć z wirusem, którego kolejna fala dotkliwie wpływa na nasze życie. Województwo śląskie jest regionem, który już pokazał, że potrafi efektywnie przeciwstawić się pandemii. Przed nami kolejny trudny czas, ale wierzę, że podobnie jak przy poprzednich falach COVID-19, służba zdrowia w regionie zda egzamin” – podkreślił marszałek województwa śląskiego Jakub Chełstowski.
Uzyskane przez Gyncentrum wyniki zostały też przeanalizowane przez naukowców Śląskiego Uniwersytetu Medycznego w Katowicach. W próbkach odnotowano m.in. obecność „mutacji transmisji”, które są odpowiedzialne za zwiększoną zakaźność wirusa. Jedna z nich: N501Y, która wg ECDC zwiększa transmisję wirusa o ok. 50 proc., występowała z częstością aż 89,2 proc. Dotyczyły one głównie wariantu gamma, ale nawet w wariancie alfa zdarzały się przypadki mutacji związanych zarówno ze zwiększoną transmisyjnością, jak i ucieczką immunologiczną. Właśnie to może być przyczyną cięższego przebiegu choroby u niektórych zakażonych koronawirusem.
„W sumie przebadaliśmy już niemal półtora tysiąca próbek pochodzących z różnych okresów rozwoju pandemii w Polsce. To m.in. wymazy pobrane od górników w czasie zwiększonych zachorowań w kopalniach, a także od losowo wybranych pacjentów ze szpitali i osób zgłaszających się do punktów wymazowych” – wskazała dr Emilia Morawiec. „Jest to dotychczas najbardziej reprezentatywne badanie nad genomem SARS-CoV-2 w kraju. Teraz za pomocą interaktywnej mapy każdy zainteresowany może bezpośrednio zapoznać się z tymi wynikami” – dodała.
Dr Morawiec poinformowała, że w połowie grudnia w sosnowieckim laboratorium zostanie przebadane kolejne 380 próbek pobranych w ostatnim okresie. „To niezwykle ważne m.in. z powodu pojawienia się na świecie niepokojącej mutacji nazwanej omikron. Badania nad genomem SARS-CoV-2 są jedynym sposobem na szybką identyfikację nowych wariantów. Dzięki temu naukowcy zyskują czas by lepiej przyjrzeć się nowemu przeciwnikowi i nauczyć się z nim skutecznie walczyć” – podkreśliła. (PAP)
Źródło: Serwis Nauka w Polsce – www.naukawpolsce.pap.pl, Autorka: Anna Gumułka
