Stało się to, o czym spekulowano od dawna. Były już szkoleniowiec „Czarnych Koszul” oficjalnie został przedstawiony na konferencji prasowej jako nowy trener klubu z Białegostoku, zastępując kończącego swą przygodę z Jagiellonią Tomasza Hajtę. Stokowiec podpisał roczną umowę z opcją przedłużenia o kolejny rok.
Piotr Stokowiec to kolejny młody, zdolny trener, których ostatnio zaczyna przybywać T-Mobile Ekstraklasie. W minionym już sezonie, jeszcze prowadząc Polonię Warszawa, udało mu się zająć miejsce na podium po bardzo dobrej rundzie jesiennej i wydawało się, że prowadzony przez niego klub mocno namiesza w ligowej hierarchii. Niestety, mająca problemy z finansami i wypłacalnością Polonia, przeprowadziła w przerwie zimowej nie tyle wyprzedaż, co rozdanie swoich najlepszych piłkarzy innym klubom za darmo (zaległości płacowe). Pozostałych na Konwiktorskiej zawodników wraz z trenerem skazywano na pożarcie. I tu miała miejsce niespodzianka, bo mimo zdecydowanych ubytków w kadrze, poloniści radzili sobie w rundzie rewanżowej całkiem dobrze i wydaje się, że głównym tego reżyserem był właśnie Piotr Stokowiec. Potrafił stworzyć dobry zespół z młodych chłopaków, którzy grali praktycznie za darmo, a niektórzy z nich pensji nie widzieli nawet ponad rok czasu.
Ostatecznie Polonia zajęła w sezonie 2012/2013 szóste miejsce z bilansem 11 zwycięstw, 9 remisów i 10 przegranych. Niestety wobec wyroku Komisji Odwoławczej ds. Licencji Klubowych PZPN, „Czarne Koszule” nie dostały pozwolenia na grę w ekstraklasie w sezonie 2013/2014 i zaczną go w trzeciej lidze.
Czytaj także: Ekstraklasa 2012/2013: Legia nie popełniła błędu sprzed roku
Stokowiec był trenerem Polonii przez ostatnie 12 miesięcy. Wcześniej prowadził drużynę Młodej Polonii i pracował jako asystent trenera Bakero, Janasa i Theo Bosa.